Het is voor goede en adequate hulpverlening van groot belang dat een organisatie als MKB-Santos bestuurders heeft die weten waarover zij praten. Bestuurders die kennis hebben van het midden- en kleinbedrijf en bovendien beschikken over netwerken.

Het bestuur van MKB-Santos is per 11 maart 2009 als volgt samengesteld:

de heer drs. A.A.V.M. (Fons) Otten AA, voorzitter
de heer ir. A.K.J. (Ane) Hoekstra, vice-voorzitter en penningmeester
de heer P.C.M. (Piet) Duijndam, secretaris
de heer mr. E. (Erik) Kruiderink
de heer ing. L.L.J. (Louis) Daems
de heer H.H. (Herman) van der Geest
de heer P.L. (Peter) Legerstee

Naast de bestuursleden beschikt MKB-Santos over een netwerk van externe adviseurs.